Сюжетная часть PSO2 традиционно посвящена спасению вселенной, которой грозит скорая гибель из-за активно распространяющейся инопланетной «заразы». Каждый игрок сможет принять самое непосредственное участие в определении судьбы виртуального мира PSO2. Под этим подразумевается, что нам уготовано очередное «бесконечное» приключение, включающее в себя посещение огромного числа планет, уровни и подземелья на которых генерируются случайным образом, так что каждый визит на их поверхность несет в себе новые откровения, врагов и обязательный лут. Вдобавок наши походы разнообразятся за счет новой систем.
